Президентом МФСА избираются Главы государств ЦА поочередно на установленный ими срок.

Правление МФСА состоит из пяти человек – Заместителей Премьер-министра стран учредителей.

Ревизионная комиссия – по одному представителю на уровне заместителя руководителя финансового органа стран учредителей.

Председатель Исполкома МФСА назначается Президентом МФСА по согласованию с другими Главами государств.

Членами Исполкома МФСА направляются Правительствами по два представителя от каждой страны учредителя.

Филиалы Исполкома МФСА находятся на постоянной основе в странах-учредителях:

в Республике Казахстан, Алматы – Исполнительная дирекция,

в Кыргызской Республике, Бишкек – Исполнительная дирекция,

в Республике Таджикистан, Душанбе – филиал,

в Туркменистане, Дашховуз – филиал,

в Республике Узбекистан, Ташкент - Агентство проектов МФСА и

Нукус – филиал.

Межгосударственная Координационная Водохозяйственная Комиссия (МКВК) с подразделениями (Секретариат, Научно-информационный центр, БВО «Сырдарья» в г.Ташкенте и БВО «Амударья» в г. Ургенче).

Комиссия по устойчивому развитию (КУР) с подразделениями (Секретариат, Научно-информационный центр в г. Ашгабаде).

Президентами Фонда в разные годы являлись:

1993-1997гг.                         Президент Казахстана Н.А.Назарбаев

1997-1999гг.                         Президент Узбекистана И.А.Каримов

1999-2002гг.                         Президент Туркменистана С.Ниязов

2002-2008гг.                         Президент Таджикистана Э.Рахмон

2008-2013 гг.                        Президент Казахстана Н.А.Назарбаев

2013-по

настоящее время              Президент Узбекистана И.А.Каримов