С 1960 г. с начала понижения уровня моря, деградируется древесно-кустарниковая растительность, сокращаются площади, занятые тростником и солодкой, исчезает туранга, усыхает лох. Там, где растительность даже сохранилась, ее видовой состав стал намного беднее. Исчезла ондатра. Резко сократилось количество промысловых видов дичи. Большинство водоплавающих птиц сменили свои гнездовья, переселившись на север, на озера Тургайской ложбины.

Хозяйственное использование Арала было связано в первую очередь с рыбным промыслом. Уловы достигали 40-50 тыс. тонн, в том числе более 20 тыс. центнеров ценнейшей аральской рыбы – усача. До 1960-х годов Арал занимал 3-е место среди внутренних водоемов СССР, ежегодно давая около 13% всего улова рыбы. Основными промысловыми видами рыб Арала, помимо усача, были лещ, сазан, шемая, вобла, судак, жерех, которые составляли 80% добычи. Водился здесь и аральский лосось, занесенный в Красную книгу бывшего СССР.

В 1980 г., из-за повышения солености вод с 11 до 20 г/л и пересыхания древних путей по речным протокам к нерестилищам, уловы рыбы упали до 14 тыс. тонн и море потеряло свое рыбохозяйственное значение, а в 1984 г. промысел в море полностью прекратился.

В дельтах Амударьи и Сырдарьи на зверопромысловых угодьях отлавливалось до 1 млн. 130 тыс. штук ондатр. Большая часть шкурок шла на международный пушной аукцион и приносила валюту. Довольно многочисленным было поголовье кабанов. Здесь же заготавливался тростник, используемый в качестве строительного материала и корма скоту.

До 1960 г. Аральское море как внутренний водоем между Казахстаном и Узбекистаном служил основным звеном, связывающим порты Аральск и Муйнак, грузооборот между которыми достигал 250 тыс. тонн в год (в основном хлопок, хлеб, соль, рыба, химикаты, лес).

Хозяйственное значение Аральского моря не ограничивается лишь перечисленными видами хозяйственной деятельности. Скорее, более важное значение имеет общее влияние Аральского моря на прилегающие территории, смягчая их климат. Испаряемость Арала формировала и определяла климат во всей Центральной Азии. До высыхания оно испаряло более 60 куб. км. в год, которые потом превращались в осадки, выпадавшие в этом регионе. А компенсацией такому колоссальному испарению служил сток Амударьи и Сырдарьи.

На использование вод Амударьи и Сырдарьи практически опирается вся экономика Таджикистана, Узбекистана, Туркменистана,  казахстанской части Приаралья и меньшей степени Кыргызстана. Почти полное зарегулирование рек Амударьи и Сырдарьи для создания крупнейшей зоны орошаемого земледелия и хлопковой базы бывшего Советского Союза без какого-либо прогноза состояния самих рек, Аральского моря и экологических последствий для всей Средней Азии, оставило море без притока воды к нему, тем самым, обрекая его на высыхание

Развитие хлопководства, а затем и рисоводства базировалось на прогрессивном увеличении орошаемых площадей в бассейне Амударьи и Сырдарьи с 4,1 млн. га в 1960 г. до 7,4 млн. га в 1990 г. Здесь на орошаемых землях производились 95% хлопка-сырца, около 40% риса, 25% овощей и бахчевых, 32% фруктов и винограда от всего производства в бывшем СССР.

Естественно, начиная с этого периода сток речных вод в Арал стал резко сокращаться. Если в 1910-1960 гг. в среднем ежегодно в Арал поступало около 62 куб. км. воды, то в 1961-1970 гг. – 43,3, в 1971-1980 гг. – 16,7, в 1981-1990 гг.- 3,5 куб. км.. Сток Сырдарьи в 1974-1986 гг. не доходил до Арала, сток Амударьи частично отсутствовал в 1982-1993 гг., 1985-1986 гг. и 1989 г. Результатом явилось снижение его уровня: в 1960-е годы – в среднем на 0,2 м в год, в 1970-е годы – на 0,6 м, в 1980-е годы – на 0,85 м, к началу 1987 г. его уровень достиг отметки 36,4 м, т.е. на 16,6 м ниже, чем среднемноголетний уровень до 1961 г.

В один только Каракумский канал в 1975-1988 гг. подавалось из Амударьи ежегодно от 10 до 13,5 куб. км. воды, что позволяло орошать около 850 тыс. га. Большие объемы воды подавались  из Амударьи на вновь осваиваемые земли по Аму-Бухарскому и Каршинскому каналам (еще около 15 куб.км).

Воды Сырдарьи по системе каналов орошали огромные площади в Ферганской долине, юго-восточных районах Узбекистана, в Казахстане. Лишь небольшая часть стока, используемая для орошения, возвращалась назад, в реки. Большая часть расходовалась безвозвратно или сбрасывалась в дренажные системы, которые являются неотъемлемой частью оросительных систем, обеспечивающих оптимальный уровень грунтовых вод и нормальную продуктивность почвы, в бессточные впадины в пустыни, что ведет к возникновению и развитию процессов опустынивания и загрязнения окружающей среды. Последнее происходило за счет использования ядохимикатов в среднем по 20-25 кг/га в год; минеральных удобрений в среднем по 400 кг/га в год. Общий объем коллекторно-дренажных вод в бассейнах Амударьи и Сырдарьи составлял 32,71 куб.км./год.

В результате сброса были образованы два обширных водоема-испарители рек Амударьи –Сарыкамыш и Сырдарьи – Арнасай. Последний образован на месте солончака Айдар, системы Арнасайских озер и озера Тузкане. Сюда направляются ирригационно-дренажные воды из Голодной степи и сбрасываются паводковые воды из Шардаринского водохранилища.

Котловина солончака Айдаркуль заполнилась водой в 1969 г., когда при высоком половодье на Сырдарье из Шардаринского водохранилища было сброшено 21,8 куб.км. воды. Озеро Айдар соединилось с озером Тузкане и образовалась единая озерная система площадью 2400 кв.км. Сейчас площадь Арнасайских озер (или Арнасая) колеблется от 1775 до 3100 кв. км., объем водной массы – от 12,5 до 35 куб.км., минерализация воды в разных местах системы изменяется от 4 до 12 г/л, при средневзвешенной 10,3 г/л.

Помимо Арнасая и Сарыкамыша насчитывается около 100 водоемов-накопителей коллекторно-дренажных вод с площадью, превышающей 10 тыс.кв. км. Такой разбор и потери воды двух рек не могут компенсироваться из-за испарения с поверхности моря. Естественным следствием снижения поступления воды явилось быстрое падение уровня Аральского моря и увеличение его солености. Падение уровня воды повлекло за собой обнажение 23 тыс.кв.км песчано-солончаковой поверхности. Только в дельте Амударьи с 1961 г. высохло более 50 озер, площадь тугаев (черных лесов, тянущихся вдоль берегов среднеазиатских рек) и тростниковых зарослей сократилась в 2 раза и достигла 1 млн. га. Растительный и животный мир Приаралья утратил генофонд на 50%. Возникший процесс опустынивания охватил более 4,5 млн. га, превратив пастбищные земли в пустыню, что нанесло серьезный ущерб животноводству.

По всему Приаралью понизился уровень грунтовых вод и это вызвало изменение режима питания растений и процессов почвообразования.