В 1992 году Президент Республики Казахстан Н. Назарбаев обратился к Главам государств Центрально-Азиатских стран объединить усилия по смягчению негативного воздействия высыхания Арала на окружающую природную среду и население региона.

На встрече Глав государств Центральной Азии в г. Кызылорде 26 марта 1993 года Главами государств Центральной Азии было принято «Соглашение о совместных действиях по решению проблем Аральского моря и Приаралья, экологическому оздоровлению и обеспечению социально-экономического развития Аральского региона» и  подписано Положение о Международном Фонде спасения Арала (МФСА), что явилось датой образования МФСА. Президентом МФСА был избран Н. А. Назарбаев – Президент Республики Казахстан.

В годы самостоятельного развития стран Центральной Азии Президенты Республики Казахстан  Н.А.Назарбаев, Кыргызской Республики А.А. Акаев, Республики Таджикистан Э. Рахмон, Туркменистана С.А. Ниязов, Республики Узбекистан И.А. Каримов – проявили величайшую политическую волю и государственную мудрость, которые вылились в признании и готовности к решению вопросов совместного использования водных ресурсов бассейна Аральского моря с учетом интересов всех государств региона. Они подняли межгосударственные водные отношения на высокий международный уровень, сохранив давние традиции дружбы, взаимопонимание, партнерство, направив этот высокий потенциал на процветание стран региона. Свидетельством тому является стабильное функционирование водного и энергетического комплексов в непростых условиях переходного периода, формирование рыночной экономики, непреклонная воля правительств и народов региона по поиску путей выхода из сложившихся социально-экономических и экологических условий в бассейне Аральского моря.

За этот период, благодаря последовательной политике лидеров стран Центральной Азии,  МФСА и его организации стали незаменимой политической платформой для переговорного процесса между странами, развития и принятия двусторонних и многосторонних соглашений в целях комплексного управления, использования и сохранения трансграничных водных ресурсов.